Осуществляет управление судами и перевозками грузов и пассажиров в акваториях морских портов Российской Федерации, расположенных в Балтийском море.
В состав Администрации входят следующие морские порты: Большой порт Санкт-Петербург, Пассажирский порт Санкт-Петербург, Усть-Луга, Приморск, Высоцк, Выборг, Калининград.